Efterhånden begyndte så "Danmarks største og bedst beliggende sanatorium for tuberkuløse børn" at tage form, om end de urolige forhold på arbejdsmarkedet med flere strejker og en generel lockout skabte yderligere forsinkelser. Faktisk havde man planlagt en storstilet indvielse i oktober 1910 med deltagelse af både konge og rigsdag, men det måtte opgives, fordi byggeriet trak i langdrag. I stedet tog man stille og roligt hele byggeriet i brug den 1. august 1911. Grunden til at der på dette tidspunkt ikke blev afholdt nogen særlig indvielsesfest, skal nok primært søges i, at der i mellemtiden havde været en landsdækkende mediestorm om den "meningsløse ødslen med statens og borgernes midler", som byggeriet af Julemærkesanatoriet efter nogles mening var udtryk for.

De mange besværligheder, som tilblivelsen af Julemærkesanatoriet havde været udsat for, var nemlig for intet at regne mod den storm, som brød løs, da man omsider var ved at være færdig med byggeriet. Det var distriktslæge Frederik Lund fra Silkeborg, som i et indlæg i Ugeskrift for Læger i januar 1911 startede stormvejret, der endte med til sidst at blæse selveste Julemærkekomiteen om kuld. Han kritiserede i hårde vendinger, at Julemærkesanatoriet nu ville ende med at komme til at koste omkring 800.000 kr., hvad der var mere end en tredobling af det oprindelige budget. Lunds indlæg blev refereret i dagspressen, hvor hans synspunkter om ødselhed og ukontrollabelt overforbrug fik tilslutning fra flere sider.

Det endte med, at der måtte nedsættes en kommission med repræsentation fra lægeforeningen, arkitektforeningen og ingeniørforeningen, som skulle gennemgå byggeriet og regnskabet. Kommissionens beretning blev afleveret den 17. oktober 1911, og den viste bl.a., at de samlede omkostninger var løbet op i lige godt 1 mio. kr., især fordi udgifterne til jordarbejder og funderinger havde været langt større end forventet. Beretningen indeholdt en klar kritik af komiteen: der var ikke på forhånd lavet en samlet plan og et detaljeret overslag over udgifterne, og komiteen havde ikke været i besiddelse af tilstrækkelig sagkundskab.

Det var en klar bét for Julemærkekomiteen, som da også valgte at tage konsekvensen og trække sig tilbage "af hensyn til fremtidige julemærkeindsamlinger". Den eneste, som ikke gik, var Holbøll; tværtimod lykkedes det ham i løbet af et par uger at stable en ny komité på benene. Man kan undre sig over, at Holbøll ikke trak sig, men forklaringen er måske, at han var "blevet en legende, og sådanne ofres ikke gerne".