Gennem hele 1989 og de første måneder af 1990 blev de fredede bygninger renoveret og ombygget for i alt omkring 120 mio. kr. Restaureringen foregik med nænsom hånd under kyndig vejledning af dygtige fagfolk, og ønsket var at bevare bygningernes stil og charme, såvel udendørs som indendørs.
Lederen af renoveringsarbejdet understregede i et interview, at da der var tale om et historisk bygningsværk, der ikke kunne bygges igen fra nyt, skulle den gamle bygning have lov at "føre ordet". Han nævnte som eksempel, at hovedbygningen ganske vist fik en ny indgang - før gik man ned, nu går man op - men det var de samme gamle granittrappetrin, som anvendtes. Alle de gamle vinduer blev også bevaret, men de blev renoveret, afrenset for gammel maling og malet op på ny, og indvendig opsattes nye termoruder med fine fjederbelastede lukkeskruer i messing. Dermed understregedes den håndværksmæssige kvalitet, som var karakteristisk for den originale bygning, og som også kendetegnede nyindretningen.
Det var naturligt, at der blev valgt dansk designede tekstiler, møbler og lamper til indretningen, og den 27. april 1990 kunne hotellet åbne under navnet Hotel Koldingfjord med den 32-årige Michael Jepsen som adm. direktør. Driften af hotellet blev fra starten varetaget af et driftsselskab, bestående af Dansk Sygeplejeråd, Pensionskassen for Sygeplejersker og Pensionskassen for Hjemmesygeplejersker og administreret af PKA.
Det oprindelige projekt opererede med, at Hotel Koldingfjord skulle have en kapacitet på 70 værelser, men det stod hurtigt klart, at kapaciteten måtte øges. Den indlysende mulighed var at inddrage funktionærboligerne Skovly, fordi der her kunne indrettes en snes hotelværelser. Selvom der blev bygget i rekordfart, blev Skovly dog først færdig 1. juli 1990.
Da man måtte formode, at hotellets gæster ikke havde stor lyst til at forcere alle trapperne, sådan som sygeplejeeleverne i sin tid var tvunget til, blev der indbygget en elevator i skrænten med tilhørende "tunnel". Egentlig var det planen at konstruere en rullende trappe op ad skråningen, men den ville koste 5½ mio. kr., og det var mere end bestyrelsen ville være med til. Derfor blev det til en elevator, som i øvrigt blev bygget uden de større udgravninger, fordi man ikke ønskede at efterlade et stort "ar" i skoven.