Da det åbnede, kunne Julemærkesanatoriet modtage 120 børn i alderen 4-15 år, men det viste sig snart, at behovet var større end kapaciteten. For at afhjælpe sengemanglen blev der hurtigt bygget en særlig optagelses- og isolationsbygning; i 1917 fulgte en bygning for mindre børn og i 1933 en bygning for de helt små børn. Sanatoriets samlede kapacitet nåede dermed op på 185 børn, men alligevel måtte Julemærkesanatoriet gennem årene give mange afslag på indlæggelse.
Inden indlæggelsen fik de syge børn et patientnummer, som skulle sys på deres tøj, og når de ankom til sanatoriet, blev de i langt de fleste tilfælde først indlagt en halv snes dage i isolationsafdelingen i den såkaldte E-barak for at undgå, at de smittede de andre patienter med evt. børnesygdomme.
Herefter blev de overflyttet til afdelingerne, hvor de var sengeliggende i den første periode, som godt kunne være ganske langvarig. Først når børnene var feberfri, indledtes den egentlige kur, som bestod af daglige ophold i den rene, friske luft i den udendørs liggehal eller på loggiaerne, kombineret med god ernæring og motion i form af 1-3 daglige spadsereture på en halv eller en hel times varighed.
På sanatoriet anvendtes også den såkaldte "pustemetode", som bestod i, at man stak en nål ind mellem ribbenene og pustede luft ind i mellemrummet mod lungen, så den klappede sammen og løsnedes fra brystvæggen. Den punkterede, syge lunge fik på denne måde ro i en periode, og håbet var, at man dermed fjernede bakteriernes arnested. Metoden skulle gentages med ret korte mellemrum, og den var ikke helt ufarlig og bestemt ikke behagelig.
Hver 14. dag skulle børnene til undersøgelse hos en af lægerne. Først skulle de gennemlyses, så der kunne blive taget et røntgenbillede af deres lunger, dernæst fulgte en "maveskylning", en meget ubehagelig undersøgelse, hvor de fik stukket en rød slange ned i maven, og hvor der via en tragt blev hældt væske ned i slangen. Derefter skulle børnene brække sig i en dertil indrettet bananformet metalskål, og væsken blev så undersøgt for tuberkelbaciller. Tuberkelbacillen er nemlig syrefast og tåler i modsætning til mange andre bakterier opholdet i mavesyren. Bacillen skulle dyrkes på Statens Seruminstitut, og der gik seks uger, inden man kunne få svar.
Tre gange i træk skulle man være "frikendt", før man blev erklæret rask, og det var naturligvis en enorm skuffelse, hvis man havde klaret frisag to gange i træk, og det så viste sig tredje gang, at der igen var baciller, for så ville det jo vare endnu et stykke tid, inden man kunne komme hjem.
